Çeşitli proteinler mevcuttur. Özellikle suda erimeyen protein olan gluten (gliadin ve glutenin kompleksi) çok önemlidir. Çünkü ekmeğin iskeleti olup , mevcut undaki oransal düşüklüğü yada kalite bozukluğu hemen ekmeğe yansımaktadır.

Normalde iyi bir ekmek üretebilmesi için yaş glüten oranının 100 g.unda 27-32 arasında olması uygun olabilmektedir. Protein kalitesini belirlemede elde edilen glüten indeks değerinin ise ekmek yapımında kullanılacak unlar için en az 60 olması gerektiği ve bu değerin 40'm altında olduğu unların ekmek yapımında problem yaratabileceği belirtilmektedir.

Glüten hamurdaki suyu bünyesine aldığı için fırın aşamasına kadar taşıyıcı olarak düşünülebilir. Hamurdaki lifli yapıyı oluşturan esas yapı kompleksidir. Fırına girdikten sonra taşıyıcılık ve yapı oluşturma görevini nişasta üstlenmektedir.